FreeBSD 12.0 以下は base の llvm に OpenMP が有効になってないらしく途中でエラーがでる。
devel/llvm80 を OpenMP enabled で入れて
https://xgboost.readthedocs.io/en/latest/build.html#building-on-ubuntu-debian の cmake .. を
cmake -DCMAKE_CXX_COMPILER=clang++80 ..
とすればよいようだ。
python binding はそのまま
cd xgboost/python-package
python setup.py install